
Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp có thể gặp tình trạng nợ tờ khai thuế, không nộp hồ sơ khai thuế đúng hạn hoặc bị cơ quan thuế xác định không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Khi đó, doanh nghiệp có thể bị áp dụng các biện pháp xử lý về thuế và trạng thái mã số thuế có thể bị ảnh hưởng.
Từ ngày 01/07/2026, quy định về đăng ký thuế được thực hiện theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Văn bản này quy định cụ thể các trường hợp khôi phục mã số thuế, hồ sơ và cách cơ quan thuế xử lý hồ sơ khôi phục.
➡️ Vì vậy, khi doanh nghiệp đang nợ tờ khai và cần hoạt động trở lại, việc đầu tiên không nên là tự ý nộp hồ sơ một cách máy móc mà cần kiểm tra chính xác trạng thái mã số thuế, các tờ khai còn thiếu, tiền thuế còn nợ và tình trạng hoạt động tại trụ sở.
Có nhiều nguyên nhân dẫn đến việc mã số thuế của doanh nghiệp bị chuyển trạng thái hoặc không thể sử dụng bình thường, trong đó thường gặp:
✔️ Doanh nghiệp bỏ sót nhiều kỳ khai thuế.
✔️ Không nộp hồ sơ khai thuế đúng thời hạn.
✔️ Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế.
✔️ Doanh nghiệp thay đổi địa chỉ nhưng chưa cập nhật thông tin.
✔️ Doanh nghiệp đã thực hiện thủ tục liên quan đến chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng chưa hoàn tất.
✔️ Còn tồn tại các nghĩa vụ về thuế, hóa đơn hoặc khoản phải nộp ngân sách nhà nước.
➡️ Do đó, nợ tờ khai thuế không phải lúc nào cũng đồng nghĩa với việc chỉ cần nộp bổ sung tờ khai là mã số thuế được mở lại ngay. Tùy trạng thái cụ thể, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp hoàn thành thêm các nghĩa vụ liên quan trước khi khôi phục.
Câu trả lời là có thể, nếu doanh nghiệp thuộc trường hợp được khôi phục mã số thuế và đáp ứng đầy đủ yêu cầu của cơ quan thuế.
Theo quy định hiện hành, một trường hợp đáng chú ý là doanh nghiệp bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng chưa bị thu hồi giấy phép và chưa bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế có thể thực hiện thủ tục đề nghị khôi phục mã số thuế.
Đối với hồ sơ thuộc trường hợp này, cơ quan thuế sẽ kiểm tra các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản khác còn phải nộp hoặc còn nợ. Cơ quan thuế cũng có thể thực hiện xử phạt đối với các vi phạm về thuế, hóa đơn theo quy định và xác minh tình trạng hoạt động thực tế của doanh nghiệp.
➡️ Như vậy, doanh nghiệp muốn mở lại mã số thuế do nợ tờ khai cần chuẩn bị phương án xử lý toàn bộ nghĩa vụ còn tồn đọng thay vì chỉ tập trung vào một hoặc vài tờ khai bị thiếu.

Hồ sơ cụ thể phụ thuộc vào nguyên nhân và trạng thái mã số thuế của từng doanh nghiệp. Thông thường, doanh nghiệp cần rà soát và chuẩn bị các nội dung như:
✔️ Hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế theo trường hợp áp dụng.
✔️ Thông tin đăng ký doanh nghiệp và mã số thuế.
✔️ Các tờ khai thuế còn thiếu phải thực hiện bổ sung.
✔️ Hồ sơ, chứng từ liên quan đến việc sử dụng hóa đơn nếu có.
✔️ Chứng từ chứng minh đã hoàn thành các khoản thuế và nghĩa vụ tài chính phải nộp theo thông báo của cơ quan thuế.
✔️ Hồ sơ giải trình về tình trạng hoạt động hoặc địa chỉ trụ sở khi cơ quan thuế yêu cầu.
✔️ Các tài liệu khác theo yêu cầu của cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
➡️ Doanh nghiệp không nên áp dụng một bộ hồ sơ giống nhau cho mọi trường hợp. Cần xác định mã số thuế đang ở trạng thái nào và nguyên nhân bị chuyển trạng thái trước khi tiến hành.
Kế toán cần xác định mã số thuế hiện đang ở trạng thái nào, doanh nghiệp có bị thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hay không và có thuộc trường hợp được khôi phục hay không.
Đây là bước quan trọng vì mỗi trạng thái có thể dẫn đến cách xử lý khác nhau.
Doanh nghiệp cần kiểm tra:
✔️ Các kỳ chưa nộp tờ khai.
✔️ Tờ khai đã nộp nhưng cần điều chỉnh, bổ sung.
✔️ Tiền thuế còn phải nộp.
✔️ Tiền chậm nộp nếu phát sinh.
✔️ Các khoản phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.
✔️ Tình trạng sử dụng hóa đơn.
✔️ Các nghĩa vụ khác theo thông báo của cơ quan thuế.
➡️ Việc rà soát đầy đủ giúp hạn chế tình trạng nộp thiếu hồ sơ, khiến quá trình khôi phục phải thực hiện nhiều lần.
Doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung các kỳ còn thiếu theo quy định. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế phụ thuộc vào từng phương pháp và kỳ khai thuế; chẳng hạn, đối với thuế khai theo tháng, thời hạn thông thường là ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
Tùy hồ sơ thực tế, doanh nghiệp có thể phát sinh tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt cần xử lý.
Theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, đối với một số trường hợp khôi phục mã số thuế, cơ quan thuế sẽ thông báo danh sách hồ sơ khai thuế còn thiếu và các nghĩa vụ thuế, khoản phải nộp hoặc còn nợ mà doanh nghiệp cần hoàn thành.
Doanh nghiệp cần thực hiện đầy đủ các yêu cầu này và lưu giữ chứng từ làm căn cứ đối chiếu.
Nếu thuộc trường hợp phải xác minh, cơ quan thuế có thể kiểm tra thực tế tình trạng hoạt động tại địa chỉ đăng ký.
Doanh nghiệp cần đảm bảo trụ sở hoạt động đúng thông tin đã đăng ký và có người đại diện hoặc người được ủy quyền phối hợp khi cơ quan thuế thực hiện xác minh.
Sau khi doanh nghiệp hoàn thành đầy đủ các yêu cầu, cơ quan thuế thực hiện thủ tục khôi phục mã số thuế theo quy định.
Theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, với một số trường hợp, sau khi người nộp thuế hoàn thành đầy đủ hành vi vi phạm và nộp đủ số tiền thuế, các khoản còn nợ theo yêu cầu, cơ quan thuế thực hiện lập thông báo khôi phục mã số thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc.
Có thể có. Việc có phát sinh tiền phạt hay không phụ thuộc vào thời gian chậm nộp, loại hồ sơ, hành vi vi phạm và tình trạng thực tế của doanh nghiệp.
Khi xử lý hồ sơ khôi phục trong một số trường hợp, cơ quan thuế thực hiện xác định các vi phạm về thuế, hóa đơn và xử lý theo quy định. Vì vậy, doanh nghiệp cần dự trù khả năng phát sinh:
❌ Tiền phạt do vi phạm hành chính về thuế.
❌ Tiền chậm nộp thuế nếu có.
❌ Tiền thuế còn thiếu.
❌ Các khoản nghĩa vụ khác được cơ quan thuế xác định.
➡️ Không nên tự ước tính chi phí chỉ dựa vào số lượng tờ khai bị thiếu, bởi số tiền thực tế còn phụ thuộc vào hồ sơ và tình trạng của từng doanh nghiệp.
Thời gian xử lý không giống nhau cho tất cả doanh nghiệp.
Nếu hồ sơ đầy đủ và doanh nghiệp không có vấn đề phức tạp, quá trình có thể được xử lý tương đối nhanh. Tuy nhiên, trường hợp doanh nghiệp nợ nhiều kỳ tờ khai, còn nợ thuế, có vi phạm về hóa đơn hoặc cần xác minh địa chỉ trụ sở thì thời gian thực tế có thể kéo dài hơn.
Theo quy định hiện hành, với một số hồ sơ khôi phục, cơ quan thuế có thời hạn 10 ngày làm việc để lập danh sách hồ sơ khai thuế còn thiếu, xác định tình hình sử dụng hóa đơn, các khoản thuế còn phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện các bước xử lý, xác minh theo quy định. Sau khi doanh nghiệp hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ được yêu cầu, cơ quan thuế thực hiện bước thông báo khôi phục trong thời hạn 03 ngày làm việc theo trường hợp tương ứng.
Để hạn chế phát sinh thêm thời gian và chi phí, doanh nghiệp nên lưu ý:
✔️ Thứ nhất, kiểm tra trạng thái mã số thuế trước khi làm hồ sơ.
Đây là cơ sở để xác định doanh nghiệp đang thuộc trường hợp nào.
✔️ Thứ hai, rà soát toàn bộ kỳ khai thuế.
Không nên chỉ xử lý kỳ gần nhất mà bỏ sót những kỳ trước đó.
✔️ Thứ ba, kiểm tra tình trạng hóa đơn.
Nghĩa vụ về hóa đơn có thể được cơ quan thuế xem xét cùng với nghĩa vụ khai và nộp thuế trong quá trình khôi phục.
✔️ Thứ tư, đảm bảo địa chỉ doanh nghiệp chính xác.
Nếu doanh nghiệp đã thay đổi địa chỉ, cần xử lý thông tin đăng ký phù hợp trước hoặc trong quá trình thực hiện thủ tục.
✔️ Thứ năm, không tự ý sử dụng hóa đơn khi mã số thuế chưa được khôi phục.
Doanh nghiệp nên kiểm tra trạng thái thuế và điều kiện sử dụng hóa đơn trước khi thực hiện giao dịch.
Đối với doanh nghiệp không có kế toán chuyên trách hoặc đang tồn đọng nhiều kỳ khai thuế, việc tự xử lý hồ sơ có thể mất nhiều thời gian và dễ bỏ sót nghĩa vụ.
Kế Toán Thành Khang cung cấp dịch vụ hỗ trợ doanh nghiệp xử lý hồ sơ liên quan đến mã số thuế, trong đó có trường hợp doanh nghiệp nợ tờ khai, bị ngừng trạng thái mã số thuế hoặc cần thực hiện thủ tục khôi phục mã số thuế.
Quy trình hỗ trợ có thể bao gồm:
✅ Kiểm tra tình trạng mã số thuế.
✅ Rà soát các kỳ tờ khai còn thiếu.
✅ Kiểm tra nghĩa vụ thuế và các khoản còn nợ.
✅ Hỗ trợ lập và hoàn thiện hồ sơ khai thuế còn thiếu.
✅ Hỗ trợ hồ sơ khôi phục mã số thuế.
✅ Hỗ trợ giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
✅ Theo dõi quá trình xử lý hồ sơ.
✅ Hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện các nghĩa vụ thuế sau khi mã số thuế được khôi phục.
➡️ Nếu doanh nghiệp đang gặp tình trạng nợ tờ khai, mã số thuế bị khóa hoặc bị thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, hãy kiểm tra tình trạng cụ thể trước khi thực hiện hồ sơ. Kế Toán Thành Khang có thể hỗ trợ doanh nghiệp rà soát nghĩa vụ và chuẩn bị phương án xử lý phù hợp, giúp hạn chế sai sót và tiết kiệm thời gian trong quá trình làm việc với cơ quan thuế.
![]()
CÔNG TY TNHH TƯ VẤN KẾ TOÁN THÀNH KHANG - Chuyên tư vấn và cung cấp dịch vụ kế toán thuế
VP Hồ Chí Minh: Lầu 2 Số 139 Nguyễn Thị Thập, Phường Tân Hưng, Quận 7, TP.HCM
VP Bảo Lộc: 18 Cao Bá Quát, Phường Lộc Phát, Thành Phố Bảo Lộc, Tỉnh Lâm Đồng
THÀNH KHANG - chất lượng chuyên nghiệp, giải pháp tối ưu!
Đến với THÀNH KHANG quý khách không đi lại, không đợi chờ, được tư vấn và thực hiện tận nơi!

